Chp 2.3 Lab Stories(第二章完结)

Hardworking in lab ≠ Publication

发表文章和做实验,是可以不成正相关的事。

科研工作者通过发表论文和同行比拼各自的科研实力,因此「发表」也就是 Publication 是工科专业很重要的部分,这一节围绕「发表文章」,聊聊实验室组会的日常、Manuscript、期刊杂志和国际会议体验报告。

用好日历

该文章首先发表于我的日历应用筛选之路

Group Meeting & Presentation

在正式的场合,Lab 有自己的 PPT 的模板。该模板包括学校、系、实验室的 logo 和适应亮暗场合的背景模板。在非正式的场合,比如 Group Meeting 和 视频会议中,一般用 Google Slides,最后附上两个提高 Presentation 能力的链接:

友情提醒:旧版本 MacBook Pro 是带有 HDMI 接口的,新版本没有,需要购买转接头。

Manuscript

处理参考文献

原文首发于少数派纯文本+ EndNote + Word 处理参考文献

公式编辑

原文首发于少数派搭建 Ulysses 学术写作之公式输入

Publication

影响因子和分区

想要发表文章,首先需要了解量化文章质量的两个参数,影响因子和分区。

第一点,影响因子是量化发表文章实力的因子,俗称 IF(impact factor). 用数学来表示就是:今年的影响因子=前两年的引用量/前两发表量。也就是这些发表的文章最后有没有影响到别的科研工作者,以前南京理工大学副教授左超曾打过比方:发表文章如论坛灌水和顶贴,有价值的会浮上来,没价值的会沉下去没人再看见。作为投稿者,一般在下面两个网站查询:

以 Medsci 为例。搜索关键词 Journal of Biomedical Optics ,也就是这个页面,得到如下图:

说明影响因子一般在 2.6 附近徘徊。

第二点,解释一下分区。根据 最新JCR期刊影响因子及分区情况(中科院SCI期刊分区表) ,期刊分区方法为:

  • 中科院期刊分区依据也是基于一个期刊的影响因子,但是采用的是三年平均影响因子,优点是减少了有些期刊影响因子逐年波动较大带来的不稳定因素。
  • 具体方法:根据13个大类学科,分别将各大类的SCI期刊由3年平均影响因子划分为1区(最高区)、2区、3区和4区四个等级。中科院分区的1区到4区的期刊数量不等,呈金字塔状分布。前5%为该类1区、6%~20% 为2区、21%~50%为3区,其余为4区。
  • 中科院分区表的大类分区中还会遴选出一些优秀的Top期刊:1区期刊直接划入Top范围内;2区中2年总被引频次指标位于前10%的期刊也归入Top期刊集合。

它跟汤森路透JCR的分区办法的差别可以简单由下图概括1

导致的问题是有可能在Clarivate Analytics(科瑞唯安,原汤森路透)JCR中的一区(例如排名22%),而在中科院期刊分区中只有三区。比如,上面所提到的 Journal of Biomedical Optics,在 SCI 分区中是光学二区但在中科院是光学三区。

中科院期刊分区在线平台提供权威分区报告,也可通过微信公众号:

查询官方数据,比如:

著名光学类杂志 BOE(Biomedical Optics Express)如今的影响因子和分区都高于 JBO,所以说明了同类别期刊之间差距的产生。所以以后有类似文章,(顺便说一句,以我的角度看,JBO 跟 BOE 有些近似),秉承从高往低投的过程,就首选 BOE。除此之外,该小程序也能查到十篇相关期刊:

这样,光学期刊杂志在中科院分区情况如下:

  • 一区
  • 二区
    • Optics Letter
    • Optics Express
    • Biomedical Optics Express
    • PRA
    • APL
  • 三区
    • Journal of Biomedical Optics(徘徊)
    • JOSA
    • Optics and Lasers in Enginering
    • Optical Materials
  • 四区
    • Applied Optics(好可怕,已落到四区)
    • Optics Communications
    • Optical Engineering
    • Optical Review

光学领域期刊杂志

上述例子都是光学类杂志的分区情况,下面介绍一下光学领域影响力较大的组织:

  • OSA 美国光学学会

Since 1916, OSA has been the world’s leading champion for optics and photonics, uniting and educating scientists, engineers, educators, technicians and business leaders worldwide to foster and promote technical and professional development.

  • SPIE 国际光学工程学会

SPIE is an international society advancing an interdisciplinary approach to the science and application of light.

比如前面光学二区大多数都是 OSA 旗下的期刊:

  • Optics Letter
  • Optics Express
  • Biomedical Optics Express

而 SPIE Photonics West 又是光电子、光学领域最重要和最大的学术会议(这个最重要,除了是我 Stanford 的导师本人背书之外,基本上也是行业共识),有着各司其职一说。这些学术会议,在 OSA 中的 Meeting & Exhibitions,在 SPIE 上会称做 Conferences + Exhibitions。带着成果去展示交流,也是学术锻炼的一部分。此外他们都有会员制和学生分会,目的也是组织壮大光学这一小学科。

除了这两个组织以外,很多出版商下面的杂志也属于光学类。比如 Elsevier 下的 Optics Communications和 Optics and Lasers in Engineering 一众光学期刊,位于欧洲。但其实光学类的学术中心,或者就说世界的学术中心,还是在美国,因此留学或是投稿,一般也以投美国的杂志为主。

如何选择期刊投稿

在博士生期间,一些学校会以加权分评判奖学金等级,那么一区肯定要比三区多很多,当时我是稀里糊涂的投稿 Journal of Biomedical Optics,简称 JBO,并没有着重看它的影响因子和光学分区。但是因为我看得大多数文章,或者说感觉契合的文章是在 JBO 和 Applied Optics,简称 AO 上。这是第三点,怎么选择最佳的杂志来投稿?

首先要了解杂志的内容偏好,在相应杂志页面可以查看介绍。例如在 SPIE Digital Library中:

JBO 的介绍是:

The Journal of Biomedical Optics (JBO) publishes peer-reviewed papers on the use of novel optical systems and techniques for improved health care and biomedical research.

如果你的方向和领域在 the use of novel optical systems and techniques for improved health care and biomedical research,可以尝试一投。

其次,可以在阅读在该杂志发表的文章来判断。分享我订阅的光学杂志的 RSS feed ,欢迎大家订阅。这些地址也可以去官网找到类似这样的标识,

然后用各类 RSS 阅读器订阅阅读,比如:

每天打开 Reeder,都会浏览一下推送过来的文章摘要,

选择感兴趣的文章深入阅读,此处炫技一次:读评文章的 Workflow,我是这样读和评论文章的。

在我更加细分的领域,是 OCT(Optical Coherence Tomography).那么推荐另一个网站 OCTnews.org,它算是一个搜集 OCT 好文章的专属摘要阅读网站,一些 OCT group 也在上面招博士生和博士后,和宣告拿到了什么 Funding。

一句话,只有你了解这些期刊,才能投其所好,更有效率的发表文章。

学术会议-SPIE Photonics West 体验报告

由于各种原因,我参加过三次 Photonics West。第一次,如上面所讲,我也是稀里糊涂就投稿了这个位于旧金山的会议,用 SPIE 的话来说,就是

The world’s largest photonics technologies event, consisting of three conferences and two world-class exhibitions

确实是实话,这几年来我也是看着 OCT talk 房间人越来越满,站在后面的人越来越多。

第一次,漂洋过海展示海报。带着出国前准备的 CV 找到了 FFOCT 最好的研究小组,去聊了聊天;也结识了光学领域的两位博士,到现在也一直有联系,这是参加会议的用途之一。

第二次,我已经到了 Stanford,去旧金山也就是一个小时的车程。主要听了以前师兄的汇报,也没有很认真的听其他报告,玩心比较重。

第三次,我有幸参加了围绕 Joe Izatt 教授的 Joe Fest。Izatt 是在 OCT 领域举足轻重的领袖,也是 Duke Univ. 的教授,Joe Fest 是在一年一度 Photonics West 期间,所有徒子徒孙(可以这么理解)networking 的场所。我也在 Joe Fest 上也进行了自我介绍,听取了两个汇报。有意思的是,在其中一个桌上,是 Assiatant/Associate Professor,我阅读过的一半的 OCT 文章都来自这一个小长桌。可惜的是 Dr. Choma 去了 Facebook,那篇关于灵敏度的文章2,我耿耿于怀的一直看不懂。

这次也是第一次,我非常非常认真的去听报告,也在现场提出一些问题,比如 Embryo Imaging 的曝光时长。就坐在 Moncone West 的二楼,一呆就是一天。当然累了也会去旁边的 SFMoMA 逛一逛。下面是会议提要和我的部分笔记:

我的建议有,准备几分英文简历和一分钟、五分钟的英文来介绍自己所做的内容,没准儿能找到理想中的 Position。

总结

在第二章 Lab Stories 中,分享了我所学到的技能和体会,有软件、实践相关还有对发表文章和参加学术会议的经验和认识。

  1. 汤森路透JCR的分区办法简单明了,将一个学科内收录的期刊总数分为四等份,影响因子排名前25%的期刊为一区,记作Q1,26-50%为Q2,51-75%为Q3,76-100%为Q4. 这样的分区方法是比较合理的,而且得到了世界上大多数大学和研究机构的认同并作为期刊影响力评判标准。
  2. Choma, M. A., Sarunic, M. V., Yang, C. & Izatt, J. A. Sensitivity advantage of swept source and Fourier domain optical coherence tomography. Optics Express 11, 2183-2189, doi:10.1364/OE.11.002183 (2003).

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