搭建 Ulysses 学术写作之公式输入



在 iOS 上不断探索适合自己的工作方式,基于学术写作的需要,常常文章中有希腊字母以及公式的出现,本文的目的是让在 iPad 上输入公式变得简单一些,从传统的打字输入变为手写输入,同时满足在 MS word 上二次编辑的需求。

在 MS Word 输入公式的历史

由于种种的限制,我自己的学术写作的最后一稿基本在 MS Word 里,支持它的 MathType 是最为熟知的公式编辑器。有时候是很无奈的,例如本科毕业论文期间,我的文章发到其他人的电脑上后,Mathtype 编辑的公式全部变成图片,就是像素很渣且不能编辑的那种图片公式。我记得在最后一稿提交之前,就把公式全部重新输入一遍。其实到现在我都不知道为什么,可能是 MS word 版本不兼容自动将公式转换为了图片,也可能是盗版 Mathtype 的原因,盗版的环境最终会引起的就是自己的各种麻烦。

后来开始写 Paper,发现国外杂志给出的模版除了 .dot ,还有 LaTeX 格式。对于 LaTeX 的入门,这是一份其实很短的 LaTeX 入门文档,这是我反复研究的一篇博客,但如果你觉得它还是不够短,你也只需要在文章中输入公式,对其余排版的要求不高,看我这篇手写输入的文章就够了。我认为,熟练掌握 LaTeX 的希腊字母、公式格式不是简单的事,如果你一定要这么做,我的建议是把数学符号打印出来放在手边,learning from doing.

如何使用 MathPad 手写公式

手写是一个极其自然的输入方式,我们有了更大屏幕,有了分屏,还有了 Apple Pencil,你还差一个名叫 MathPad 的识别和渲染系统:

如果对于 MathPad 大多数人还很陌生,那么同一家公司的计算器应该是有更大的受众群,如下图:

更神奇的是它们家叫 Nebo 的笔记软件,可以说是将手写这一古老的输入方式融入机器语言,我会继续使用 Nebo 并且写下自己的感受。

再回到 MathPad,它的用法是

  • 手写输入公式,在纸上怎么写在 MathPad 里就怎么写
  • 以图片输出,如下图:

  • 以 LaTeX 输出,如下图:

  • 其实我也不知道 MathML 是什么,也如下图吧:

在 LaTeX 标签下导出(此处你可能需要内购,¥18),然后到这里,这个 App 就介绍完了。

LaTeX 公式的用法

近半年来,我主要用 Ulysses 写报告、少数派文章、自己的博客。博士论文的最后一章就是用 Ulysses 写出来的,带有公式、参考文献,算是一种尝试。所以对我个人来说,公式跟 Ulysses 的连接使得 iPad Pro 增加了另一重效率,而 MathPad 和分屏 iPad Pro的配合可以说天衣无缝,当然 12.9′ 就更完美了。

先退一步讲如何在 Ulysses 上打字输入公式。最初根据少数派文章简中有效:Markdown 遇上 LaTeX,柯基同学的文章中的方案一 Ulysses + HTML 实现在 Ulysses 上公式的渲染,文章中介绍说这是 Ulysses 官方给出的公式预览方案。需要做的有两件事:

  1. 在文章开头加入如下段落:
~~ <script type="text/x-mathjax-config">
~~ MathJax.Hub.Config({tex2jax: {inlineMath:[['$','$']]}});
~~ </script>
~~ <script type="text/javascript" src="http://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML"></script>
  1. 在文中需要输入公式的地方输入
~~$$我是居中公式本人$$
~$我是文中出现的公式$~

其中第一行表示这是一个居中的正经公式,第二行表示文中出现的某个希腊字母组成的参数符号等。

现在就是填写居中公式本人的时候了。接着导出 MathPad 生成的公式,粘贴取代我是居中公式本人八个字,得到:

~~$$E_{s}=\dfrac {E_{i}}{\sqrt {2}}r_{s}e^{-i\left( 2kz_{s}+\varphi \right) } 

在 Ulysses 的 HTML 预览中显示为:

$$E_{s}=\dfrac {E_{i}}{\sqrt {2}}r_{s}e^{-i\left( 2kz_{s}+\varphi \right) }$$

到这里并没有结束。

回到 MS Word

不能在 Word 上二次修改就不能算是一个好方案。根据MathType TeX的指导,我们可以打开 MS Word 的 MathType 插件栏,复制 MatPad 生成的公式到任意区域,如下图

选中并 Toggle,(该操作可正向可逆向):

这样就可以无缝连接 Ulysses 的纯文本和 MS Word 文档,至少在公式这一领域里。

完整学术写作的工作流

可能有人还是会提问说为什么搞得这么麻烦,不能直接用 MS Word 写文章吗,当然可以。当你的论文超过一百页或者100M的时候,打开一篇 MS word 都很费时间;其次,Mac 和 PC 的 MS Word 有一定差异,有时候莫名其妙公式就被转换成图片了,而用 MathPad 生成的 LaTeX 代码永远都保持稳定;最后,用 iOS 写博士论文,我觉得很酷。我们还有 Overleaf,专门用来写学术文章的在线 LaTeX 网站,我觉得不实用,因为它严重依赖网络编译。因此我用 Ulysses 拆分章节写,通常我学术写作的工作流是:

  1. 用 Ulysses 写第一稿,除了排版以外的所有内容;
  2. 生成 HTML 文件夹;
  3. 全文(纯文本)复制进 MS Word;
  4. 用 MathType toggle 公式。

比如这个将论文第六章拆分成章节完成的例子:

尾巴

首先回到为什么用 Ulysses 写作这个问题上来,轻量纯文本和随时随地快速的输入想法是我最看重的两点。对于 Science 的学生来说,公式输入就是刚需,记住 LaTeX 符号各自的代码不是简单的事情,使用支持分屏以及手写公式 MathPad 为 Ulysses 和 LaTeX 公式架起高速公路(梗)。其实搞清一件事最好从根源出发,比如可以思考一下根源是什么,为什么 MathType/MathPad/Ulysses 都可以识别 LaTeX 公式?当从底层搞清楚后,就不用怕 iOS 软件之间的壁垒,在理解基础上的一切需求都可以被满足。

Code Matters and Happy Writing!!

使用 Ulysses 输出带有图片描述的 PDF 文档

在用Ulysses插入图片时会出现下面的界面:

图片插入图例

图片插入图例

图片插入图例

按照正常的逻辑,应该可以直接输出描述或者Title,虽然我不明白Ulysses对描述和Title理解的区别,但是在文章里,「简述一幅图片插入的理由」应该是毫无疑问的需求。Ulysses对这点支持得很不好,比如,插好图片并且填写信息后,在使用 HTML 和 PDF 预览时却产生了这样的差异:

HTML和PDF输出图片描述差异

也就是说HTML格式预览可以显示对图片的描述,而PDF不可以。对于学术写作非常不友好,这里我找到两种方法解决该问题。

2. HTML 转 PDF

既然 HTML 可以直接输出描述,那么只要将 HTML 直接转换成 PDF 就是曲线救国的思路。因此,如果使用 Mac Ulysses App,那么很简单:

  1. 使用自带Safari浏览器(或者任意浏览器)打开HTML预览
  2. Safari + 预览,将网页转化为自定义尺寸 PDF | 一日一技

预览演示

如果经常使用 iOS Ulysses App,那么稍微麻烦一点。@Reagan 在Ulysses 导出带有图片说明的 PDF 文件 | 一日一技 这篇文章里给出一种 Ulysses+iCab Mobile 的实现方式。其实使用 Readdle家 PDF Expert或者可能任何类似App都可以打开带有图片标题的HTML。但是,采用HTML转PDF的问题也很多,比如说图片尺寸不令人满意。

那么能不能直接在PDF输出带有图片描述的文章呢?答案是可以的:

直接输出PDF图片描述的对比

左边是没修改之前的状态,右边是修改后的PDF,总体思路是将图片下第一行文字和图片一样进行居中处理。

3. 直接输出带有图片描述的PDF

在具体修改之前,有必要Ulysses的自定义功能。Ulysses 的自定义功能太丰富,导致很多人望而却步,不像 Byword 你也没啥可修改的反而省事,all it depends. Ulysses 有两个地方可以自定义,分别是 Markup 和 Styles,在preference里面可以找到:

Markup

Styles

就我个人而言,Markup属于一种对 Markdown 语法的标记修改,更偏向主题或者是皮肤的修改。Styles 则是对整篇文章的布局、字体等的修改,具体可以对应到不同格式的修改,比如PDF或者HTML。

3.1 修改 PDF Style

首先打开PDF 目标格式的.ulss文件,如果是Ulysses自带的文件需要先复制再用text editor打开。如果觉得有些复杂,你只需要对自己说,嗨,这就是一个文本文档。

打开路径

打开之后的界面

移动光标到paragraph styles

添加标记的这一段:

paragraph-figure + paragraph {
	text-alignment:	center
	first-line-indent:	0pt
	margin-bottom:	2.75pt
	}

这段的意思是将图片下面第一行居中处理,看起来就恰好是图片的描述。如果想限制图片大小,可以添加下面这段,你可以自己修改数据直到自己满意为止。


//	Images
//

paragraph-figure {
	margin-top:				2.5mm
	margin-bottom:			2.5mm
	margin-left:			15mm
	margin-right:			15mm
}

4.尾巴

Ulysses修改格式纷繁杂乱,刚开始真不知道从何处下笔,于是从挑选解决我痛点的PDF图片描述修改开始,大家也可以告知我有哪些需要,从点出发是一个很不错的学习方式。

Word插入 GIF 动态图片

不安装任何控件,在 word 插入一段视频。

  1. 视频用iMovie剪辑
  2. 导入 workflow 制作 GIF
  3. GIF 放在 PPT中,最好是空白 PPT,在工具栏选择插入图片,选取要插入的gif 图片,调整大小保存
  4. 将 PPT 作为 objective 导入Word 。在WORD工具栏中选择插入→对象→对象→由文件创建→浏览→确定;注意:弹框中的两个复选框要为空,即链接到文件、显示为图标;
  5. 双击word中插入的 gif 图,即可以播放 PPT。

即可在 word 实现动画效果。

Presentation

从鼠标手到 Windows 触控板

鼠标手,也就是腕管综合征,现代流行病。十年前还常常出现的「网瘾」一词,放在现在也没人再提。缓解的办法无非是少用电脑,但我的同事,一位主要负责行政的工作人员,每天处理的是电子表格。尽管买了人体工学鼠标以及鼠标垫还有手肘垫,也逃脱不了腕管综合征。既然没办法不用电脑,唯一可缓解的方式就是鼠标和触控板交换使用。再提到我的同事,我推荐她用 TrackPad,手腕多活动活动也有助缓解疼痛,这毛病最烦长时间保持同一姿势。尽管在 MacBook 遍地的群体,使用电子表格还是得用微软的 Excel 和 Windows 系统,再换句话说就是不用触控板。包括我,也是这两天刚开始想起来试一下 Windows 传说中「改进」了的触控板功能。

我并不是对比 Windows 和 Mac 哪个触控板好用,只是想说 Windows 也可以使用触控板完成类似右击、上下翻页、伸缩网页等功能。前面提到的交换使用的含义是满足和鼠标操作一样低的学习成本,常用功能,和好的流畅感。

ASUS Smart Gesture

我自己的笔记本是华硕的,所以再帮同事查触控板之前,先设置了自己的。笔记本型号A550JK,良好的互联网习惯指引我去官网下载名叫「Smart Gesture」的驱动,谁知道官网虽然能查得到我笔记本的型号,但没有下载。国内互联网现状,无奈,只能在一个第三方平台找到了下载,当然某精灵也提供下载,但是害怕放了木马病毒,我笔记本也不装杀毒软件。当然,我也不解释为什么在国外的网站下载了。下载后打开是这样的界面:

我常用的三个功能就是:

  • 双指轻击(等同右击)
  • 双指缩放页面
  • 双指上下滚动页面

除了华硕和 ThinkPad ,我相信其他 Windows 厂商也有如此设置,而且随着设备的更新,像我这台旧机器只有「Normal TouchPad」,最新的设备应该有「Precision TouchPad」,具体在How To Configure Your Touchpad In Windows 10 一文有解释:

  1. Precision touchpads – are a new type of touchpads that are designed for newer computers and devices, that run on Windows 8.1 and Windows 10. These kinds of touchpads support a variety of touch gestures that can help you to get around your PC more quickly. They offer a great user experience, but the downside is that they are not available on just any computer or device. In order to get all the gestures, features and options a precision touchpad can offer, Microsoft requires touchpad manufacturers to comply with a set of very specific hardware requirements. If you'd like to see these requirements, check this web page: Windows Precision Touchpads – Device Integration.
  2. Normal touchpads – all the other touchpads that don't fit into Microsoft's standards for precision touchpads. By default, these touchpads don't support Windows gestures and have fewer features and options available than precision touchpads. However, depending on the manufacturer and model of the touchpad, its drivers could include some features that are found on precision touchpads.

Synaptics ThinkPad UltraNav

这一串唬人的英文,实际上跟前面 ASUS Smart Gesture 是一样的意思,好比不同厂家对 Android 系统的「重命名」。同事的笔记本是ThinkPad Carbon x1,官网有 UltraNav 的下载地址,比华硕要简单得多,而且姿势也比华硕丰富得多,知乎的这篇问答中显示了有单指,双指,左右轻扫姿势,

WOX 打开目标文档

我问同事,你怎么管理文档。她打开了资源管理器,指着非常整齐的文件夹,我心想,能做到这样已经很了不起了。接着我又问,你文档那么多,你怎么找到你目标的文档呢?她说,依次打开文件夹。

是的,一年前我也是这样的,在脑子里就有自己建立的文件夹。比如博士五年,每年一个大文件夹,里面分实验数据,实验结果和组会汇报文件夹,在脑子里形成一个个沟壑,思绪好比流水,根据需要打开或者关闭阀门指引水的流动,这就是 Workflow 的意思。但每次沿着这套逻辑找到指定文件,很费脑筋。Wox 就是来帮助你的,简单来说就是 Windows 版本的 Alfred。我对wox的使用主要集中在打开文献,例如我的目标文档包含「Optical coherence tpmpgraphy」,就直接输入,得到下面的界面:

而 Wox 能做的远比想像强大,比如打开应用、终端运行、网页搜索、数学计算,比如打开 Spotify 里的歌曲,官网的说明是这样的:

An effective launcher for windows

A full-featured launcher, access programs and web contents as you type. Be more productive ever since.

Wox is free for use and open-sourced at Github, Try it now!

安装对应插件即可:

我也只是基础用户,也用不太到编程这些 tricky 的东西,若有读者使用得更深入的也可以写文章交流。在搜索文档的时候,我隐约记得我还安装了插件Everything,点击这里可以下载所有支持Wox的插件。

快捷键

Windows 上也有很多快捷键Cheatsheet,Chrome也有快捷键Cheatsheet,建议打印成PDF放在手边随时浏览。

尾巴

最后,Mac 触控板确实很优秀,但很多人也离不开 Windows。这篇文章主要分享一下在 Windows 上,只要稍微学习一点技巧,也可以与鼠标切换自如,同时提升效率。

无论软硬的技能

此文为了纪念中二的自己。


首先,今天是冬至,从今天起白天时间越来越长了,是一件值得开心的事。2016年就要来了,而我的2015,学习了十个看似用处不大的技能或是工具。至于为什么要自己学这些玩意儿,可能是因为帅气。而更重要的技能是医院守夜和照顾病人,因为生活比其它更重要,ever forever。

0.Wordpress-写作是一种能力

年初我在英文的Wordpress上搭建了个人博客-Stirdxmup,初衷是积累每天看的英文文章,谢谢想法和抒发情感。这一项没有什么技术含量,傻瓜式操作,要做的就是写、写、写…对自己的写作能力还是捏一把汗的,口语化严重、叙事啰嗦不够生动、思维跳跃太快……要改!

至于为什么要写博客,可能是因为帅气。

1.Markdown-当程序员的感觉

接着就是Markdown语言编辑器,准确来说它不能称之为语言,或者只能称作「标记语言」。目的用很简明的语法写出有逻辑层次、加粗倾斜的文章,甚至功能更为强大的Markdown工具还可以插入LaTeX或者语法高亮的代码。
工具推荐:

  • 小清新:Byword,Mac和iOS双版本,我的所有博客都是用byword编写。
  • 加强版:Quiver,分cell,例如Markdown cell、Code cell、LaTeX cell,总之你想用的都全了。
  • 魔鬼版:Sublime Text 3,带编译功能,对我这个编程盲来说是好恐怖的功能。目前配置了C++,Matlab,Latex,Markdown.

至于为什么要用Markdown写博客,可能是因为帅气。

2. Xcode和Swift

跟着学《iOS8开发》学了两节课,用Xcode做了一个极其dumb的calculator。顺便初识Swift语言,a long way to go…

至于为什么要学习Xcode和Swift,可能是因为帅气。

3.yuezhu.org-根 の world wide web

这可能需要简单说一下建网站的过程,不同于小学使用微软工具Frontpage做页面、链接、内容就完事,后续域名牌照等问题都是由老师和电信完成。这次,我得全部自己来。又因为我之前在Wordpress有一个托管博客,我想做一个迁移。于是有了下面的步骤:

  • 1.登录网站后台导出托管博客的数据
  • 2.Godaddy购买域名
  • 3.购买主机
  • 4.解析域名(网址
  • 5.上传Wordpress安装包,安装WordPress
  • 6.登录新网站后台,选择-工具-导入第一步的数据
  • 7.网站完成

至于为什么要自建网站,可能是因为帅气。

4.LaTeX-如果你是公式paper🐶

其实到现在我都不太清楚LaTeX怎么念。第一次看见它是在我投稿的时候,Journal of Biomedical Optics说你可以用LaTeX或者Word格式。「LaTeX?什么鬼,当然是Word啦,那么easy!」,默默OS。那时候懒,对学习新事物不感冒,不像现在,I am totally a sucker for new things。同样用起来也有一堆技术流和工具癖:

  • MacTeX
  • Macvim
  • Sublime Text 3
  • Skim

并且推荐Podcast:编辑器巡礼

至于为什么要学LaTeX,可能是因为帅气。

5. 编码:隐匿在计算机软硬件背后的语言

最近在看Code: The Hidden Language of Computer Hardware and Software,前十章半天就能看完,后面越看越累,每次去图书馆好好坐着四十分钟可以看半章,剩下只能下次啃完。这是一本经典的计算机与代码关系的文章,它不会教你如何编程,它告诉你什么是机器语言、如何从0、1构造继电器,再构造逻辑器件,虽然还没看完,但会告诉你怎么变成计算机这样一个过程吧。翻到后面发现有「浮点」一章,上次在苏州听你讲到的你们公司退钱的事情跟浮点有关,我就一直想弄清楚了,这个网址好像也跟浮点有关,很有意思。

至于为什么看这本书,可能是因为帅气。

6.PHP-初见你

从李如一建立的Apple4us.com知道了郑界涵和他从十五岁开始搭建的博客网站,他基本负责Wordpress中文站的一些工作,这篇博文用 WordPress Shortcode API 实时输出你当前的年龄
,教你如何自己制作插件,让Wordpress帮你调用插件来实现一些功能,比如在文章里你只要输入[age]([英文age]),文章就会自动每年在你生日的那天增加一岁,多么贴心的功能!那一段代码看上去易懂、简洁,可是要搞清楚还是得花一番功夫,谁让我C++学得太差了,都在还以前的债呀。不开心。

至于为什么要自己学这些插件上传网站,可能是因为帅气。

7.浮潜-Snorkeling Diving

浮潜虽然简单,但也不能无知识就下海追鲸鲨。浮潜三宝+潜衣+脚蹼+指数100以上的防晒霜,缺一不可。
鲸鲨

至于为什么要去浮潜,可能是因为想考OW(Open Water,公开水域)潜水证,于是觉得帅气。

8.真正的游泳和前滚翻转身

九月份在健身房自学游泳换气,在师弟的指导下,懂得了游泳最重要的是「节奏」和「韵律」,把握好就能顺利换气,目前,一千米需要四十分钟。前滚翻转身跟一帮学游泳的小孩子偷学然后自己练习而成,颇有成就感。

前滚翻转身

至于为什么要自己学前滚翻转身,可能是因为帅气。


如果说前九个都是工具属性较强,那么最后一个则是生活经历主导。

9.医院守夜-a bad night keeper

第一次照顾住院开刀的病人,第一次陪夜(虽然睡得比病人都沉),第一次肛塞(OMG)第一次签自己的名字在手术纸上,第一次写感谢信给医生护士,都是技能、经历和经验。

至于为什么要照顾病人,是因为妈妈生病了,要像小时候她照顾我一样去照顾她。爱你们!

double 母女

11.结束语

2015年,我愿意成为一个sucker for new things。

2016年就要来了,冬天快乐。

Markdown daily life without Magic Mouse

(Written by Mac app 「Byword」)

1.Email with Mr.不鳥萬如一

Lately, I’ve been really into the「Markdown」feature in writing blogs or e-mails because it offers very elegant typography. If you are the person who cares a little about the Chinese IT circle (actually, I do not like the word 「Circle」, you will be not feeling strange with the IPN (Internet Podcast Network), or the excellent IT podcast:「IT公论」. After I had added their blog feed: IT公論博客in my RSS reader, I found the article is so gorgeous. As a result, I wrote another e-mail to Mr.不鳥萬 with the question of how can he write so beautiful articles. No matter where they exist, in the apple4us.com or the blog of「IT公論」, actually the latter one is also published in the WordPress, the same as me. Then he replied me quickly as follows and I hope he does not mind it if I put the answer here.

奶昔羊

好久不见。我的会员通讯第一稿是在 Ulysess 里写的,有时候也用 Sublime Text。《IT 公论》博客上比较短的文章通常就直接用博客编辑软件 MarsEdit 了。

如果只考虑写作本身,选一个自己用得最顺手的工具即可,但如果要周详地考虑备份和长期存留等问题,就复杂很多了。目前的工具都不够理想。

Lawrence

2.Why should I use 「Markdown」writing tool

The answer is quite simple in that it is beautiful indeed.

To be honest, I always want to learn something new, attractive and superior. 「Markdown」writing tools give the sense of 「Geek」and 「Programmer」because this group of persons are innocent and adorable, at least in my eyes. Writing is a kind of skill that let you be immersed in your thoughts, which essence to any writer. People always said that you can’t publish a helpful article with only a nice tool, yes, of course, but I care the procedures I wrote, whether I felt happy when writing my life. 「Markdown」is the first step of mine to cross the field of programming. It helps me to consider things like a programmer rather than a student who is act like a grey student on campus for almost 20 years.

3.Language

What are we talking about when we talked about learning a foreign language?

As a child, we are sent to class and began to learn English, and we are pushed or we haven’t made the decision ourselves. Also, too much exercise became the burden on our shoulders. As growing up, I found I like languages because only, in this case, I can communicate with others. I like the feeling of communication, so I start studying Japanese in the autumn of 2012. Initially, hobby indeed is the greatest teacher, and I handled the 50 words in Japanese. Then series dramas of Japanese helped a lot. Last time, I met a local person who had ever worked in Japan for several years when I travelled to Dumaguete for diving this summer vacation, he was funny and gave us some bottles of water and guided us the right way to drive, then I used Japanese:「ありがとうございます」 to thank him, and talked to him in English with Japanese for a while because the oral English of the native persons actually rather implicit. Lovely memories and experiences excited me a lot.

Lately, I’ve been curious about two languages.

French

One Ph.D. of my professor said that she can teach me the French since I told that I am really into the French after watching the movie:「Le bleu est une couleur chaude」and beginning crazy about the actress 「Léa Seydoux」, Everyone knows it is melodious. OK, I will start to study French from 「Salut」and「Merci」.

Swift

The second language that I want to learn is programming. In my eyes, it looks similar to French. Then let me elaborate on my opinions, first, you must study a load of words or keywords initially; second, reciting is a must no matter how you become professional; last, grammars must be obeyed when coding or speaking. Those must become the SWIFT language. In the following year, I will spend most of my spare time studying it. Maybe one year ago, a little app developed by me will be sent as a gift to a person who is skilled at coding. It looks not so bad but…hmmm…how dumb I am.

3.Three dreams in the next year

It seemed the dreams made in last year has been realized, and now I will make the dream list in the following year, 2016:
here come the dreams,

  • Visiting scholar researcher.
  • Develop a simple app by using Xcode and Swift with the music and photos.
  • The last one for me is to publish another academic paper in OSA system.